bioSyntax:针对生物数据的语法高亮
对于生信狗，天天黑白命令行，实验室的同事，经常对着我的Emacs说，这么小的字体你看得清吗？我只能无奈地回答，因为我要一个屏幕显示一整个函数。我自己平时写代码也很注意这一点，函数尽量小，太长就要考虑切分成几个函数，我说自己是脑容量不够，写不了长函数。我希望如果有人看我代码，他/她可以看得舒服点，虽然写的不见得好，但起码一个函数，你一个屏幕是装得下的。岁月留给我们的，是越来越厚的镜片！然而最近有一款神器，让我们在命令行里，可以高亮显示生物学常见的数据格式，包括SAM, VCF, GTF, PDB和FASTA。这款神器叫bioSyntax (http://bioSyntax.org) ，看着舒服多了，而且逼格十足，如果大家序列比对看多了，其实都会依赖于看颜色，黑白字体情况下，你很难去区分ATCG，即使有明显的pattern，你也很难看出来。
bioSyntax: Syntax Highlighting For Computational Biology
doi: https://doi.org/10.1101/235820
https://www.biorxiv.org/content/early/2017/12/20/235820就在四个月前，这一工具在biorxiv上发表了preprint版本的文章，大家有兴趣可以上去看一下。
上面这张是文章里的图，上面是没有使用biosyntax的版本，下面是使用了biosyntax的版本。它还支持常用的文本编译器的语法高亮，比如vim, gedit, sublime等。
至于安装，官网（http://bioSyntax.org）上有详细的手动安装文档，也有安装脚本，让小白一键安装，当然这个脚本还没有很完善，我安装的时候，就发现有问题，并且给他们提交了一个补丁（https://github.com/bioSyntax/bioSyntax/pull/3）修复了，目前高亮不支持Mac版本的zsh，作者还在完善中，所以还可以再等等，等完善了再来使用。
上面这段是4个月前写的，当时预印本文章刚出来，我当时试用并发现了问题，于是提交了个补丁，他们很快就merge。今天突然收到说要在文章中致谢我。几个月过去了，现在应该比较稳健了，大家赶紧去试试吧。